协议申请书应包含以下内容：双方的基本信息：申请人的名字、地址、联系方式、相关资质等，以及对方的名字、地址、联系方式等。

自学指导要想写得更有效，可以采用以下几点：明确目标：在写自学指导之前，需要先明确自学的目的是什么，并加以表述，以便于学习者能够清晰地知道自己需要实现什么。